Les Comités nationaux sont mis en place par les gouvernements, compte tenu du caractère intergouvernemental du PHI. Si un pays participant n'a pas établi de comité national, il désigne néanmoins un point de convergence ou un correspondant national, qui peut être une organisation ou un particulier, pour assurer le transfert des informations relatives au PHI à destination ou à partir de ce pays.
La composition des comités nationaux diffère d'un pays à l'autre; toutefois, le Conseil du PHI recommande qu'ils soient constitués de représentants des organismes publics chargés de l'hydrologie et des ressources en eau, de particuliers compétents, et de membres qualifiés de facultés et départements universitaires, d'instituts de recherche, d'organismes de conseil et de sociétés professionnelles et savantes.
Les comités nationaux jouent un rôle crucial dans la mise en oeuvre du PHI. Ce rôle diffère d'un pays à l'autre et dépend des capacités nationales et des structures institutionnelles chargées des études hydrologiques et de la gestion des ressources en eau.
Les comités nationaux sont invités à présenter des rapports écrits sur leurs activités dans le cadre du PHI. Ces rapports nationaux sont soumis au Conseil intergouvernemental du PHI et rendent compte des activités exécutées entre deux sessions du Conseil. Le Conseil a lancé récemment un débat sur le mandat et du fonctionnement des comités nationaux.
Conseil intergouvernemental
Le Conseil intergouvernemental du PHI est un organe subsidiaire de la Conférence générale de l'UNESCO. Les Statuts du Conseil ont été approuvés par la Conférence générale de l'UNESCO à sa 18e session et amendés aux 20e, 21e, 23e, 27e et 28e sessions. Le Conseil a adopté, en outre, son propre Règlement intérieur.
Le Conseil est chargé de piloter globalement la planification, la définition des priorités et la supervision de la mise en oeuvre du PHI. Il se compose de 36 États membres de l'UNESCO que la Conférence générale de l'UNESCO élit à ses sessions ordinaires tous les deux ans. Une répartition géographique équitable des représentants des Etats membres et leur rotation sont assurées dans la composition du Conseil. Chacune des six régions électorales de l'UNESCO élit des Etats membres comme membres du Conseil. Le mandat des membres du Conseil est de quatre ans et ils sont immédiatement rééligibles. Pour maintenir une certaine continuité, leur élection se fait par moitié tous les deux ans pour une période de quatre ans, de sorte que, pendant chaque exercice, la moitié d'entre eux sont des nouveaux venus, l'autre moitié ayant déjà une certaine expérience.
Le Conseil se réunit normalement en session plénière tous les deux ans. Des sessions extraordinaires peuvent être organisées convoquées dans certaines conditions spécifiées dans le Règlement intérieur.
Le Bureau du Conseil intergouvernemental du PHI coordonne les travaux du Conseil entre les sessions. Il est constitué d'un Président, de quatre Vice-présidents et du Président sortant qui est, de droit, membre du Bureau.
[Pour en savoir plus sur le Conseil intergouvernemental et son Bureau - document pdf, en anglais]
Bureaux régionaux
Les Bureaux régionaux de l'UNESCO, auparavant appelés Bureaux régionaux pour la science et la technologie (ROST) sont responsables de la mise en
oeuvre du Programme au niveau régional. Sur place, des hydrologues représentent le PHI pour toutes les questions relatives au Programme, aux niveaux régional et national. Des postes d'hydrologues régionaux ont été mis en place dans les bureaux suivants : Le Caire (pour les États arabes), Jakarta (pour l'Asie du Sud-Est et le Pacifique), Montevideo (pour l'Amérique latine et les Caraïbes), Nairobi (pour l'Afrique), New Delhi (pour l'Asie centrale et du Sud), et Venise (pour l'Europe).
Secrétariat
L'UNESCO, par les soins de la Division des sciences de l'eau, assure le Secrétariat du Conseil intergouvernemental du PHI. Celui-ci mobilise 10 membres du personnel du cadre organique au Siège.